Borgen byggdes där gamla vatten- och vägrutter möttes. Älven utgjorde som sådan ett vattenhinder, dvs. ett slags vallgrav, som skyddade borgen. Det var också lätt att vattenledes forsla det material som behövdes för bygget till holmen.
På 1600-talet hörde Finland till det svenska riket. Det var den svenska kungen Karl IX som gav order om att borgen skulle byggas. Byggledarna kom från Sverige, liksom till en början också murarmästarna. Både garnisonen i borgen och de lokala bönderna deltog i bygget. Bönderna var skyldiga att delta i borgbygget sex dagar per år.
Det finns inga exakta uppgifter om hur borgen har sett ut under olika perioder. Murarna var mycket högre än idag, och borgen hade något slags tak. Ovanpå den norra porten fanns ett torn. Senare anlades jordvallar i borgens övre delar.
Borgen var föremål för strider endast en gång, nämligen under Stora nordiska kriget (1700-21). Ryssarna belägrade borgen i fem veckor och erövrade den till slut. Slutligen sprängde de borgen för att den inte längre skulle kunna användas. När kruttunnorna sprängdes antändes borgens träkonstruktioner, vilket gjorde att murens övre delar och jordvallarna rasade samman.
När borgen användes fick man passera genom borgen från den ena älvstranden till den andra längs träbroar. Leden förblev i bruk även efter det att borgen hade blivit en ruin. I början av 1800-talet byggdes en träbro över ruinen. På 1930-talet hade trafiken, och i synnerhet biltrafiken, ökat så mycket att man beslöt att ersätta träbron med en ny bro i betong.
Krav på att landsvägsbron borde avlägsnas har framlagts flera gånger. Det är inte lätt att få till stånd en ersättande led, eftersom Kajana älvs stränder uteslutande utgörs av värdefullt kulturlandskap. Betongbron måste trots allt snart förnyas, och kanske blir frågan då aktuell på nytt.
Historien om en guldbock har sitt ursprung i en släktberättelse, som Ior Bock diktade ihop på 1970-talet. Historian har fått anhängare på olika håll i världen, och dessa har anhållit om tillstånd att få gräva fram bocken på gården till Kajaneborgs ruiner. Museiverket har förvägrat utgrävningarna, eftersom en ren och skär historia inte räcker som motiv. I sina egna utgrävningar har Museiverket endast hittat orörd alv under våningarna från den tid då borgen var i användning.

Gömmer borgens innergård en guldbock?